1、一般情况下，该机不得连续使用超过48小时；
2、一定要保证样品*冻结成冰，否则将会造成残留液体转化为气态而产生喷射；
3、冷阱温度约为-65℃，可代替低温冰箱，但为了防止冻伤必须戴好保温手套进行操作；
4、出水阀拧紧与否和充气阀是否关闭，必须是在启动真空泵以前进行检查，同时注意有机玻璃罩与橡胶圈的接触面是否清洁无污物并且密封良好；
5、尽可能扩大制备样品的表面积，样品中不应包括含有酸碱物质和挥发性的有机溶剂；
6、在冷冻干燥机冷冻样品的过程中，温度会逐渐降低，这时可以将仍处于冰冻状态的样品取出回暖一段时间后，在继续干燥，这样可以缩短干燥的时间。